Die Kosten der 3. Piste sind ein streng gehütetes Geheimnis, kolportiert werden 2,1 Milliarden Euro zuzüglich der Kosten der weitgehenden Stilllegung der bestehenden 2. Piste (deren Errichtung 1972 aus Steuergeldern finanziert wurde), denn die An- und Abrollwege für die 3. Piste werden über die 2. Piste laufen.
Es ist bis heute nicht klar, wie diese Kosten finanziert werden sollen. Der Flughafen hat bisher keinen Finanzierungsplan vorgelegt, obwohl er gemäß § 69 Abs 1 lit g) Luftfahrtgesetz dazu verpflichtet wäre.